Para usar el mismo SKU tanto en productos como en variaciones debemos usar el siguiente filtro
wc_product_has_unique_sku
que nos permite desactivar la verificacion.
esto lo debemos añadir en nuestro tema actual en el archivo funcitions.php.
Para esto podemos usar el Plugin Code Snippests o utilizar nuestro gestor de archivos del Panel de control
add_filter( 'wc_product_has_unique_sku', '__return_false' );
Referencia https://es.wordpress.org/support Créditos a Jose Luis (@jose64)